尼娜·诺特曼盘点了预印服务器是如何进入化学界的

2017年夏天,两个预印本服务器的推出,悄悄改变了化学出版界。预印本是尚未通过同行评审或在传统期刊上发表的科学论文的早期版本,预印本服务器是免费的在线档案(或存储库)。

预印本服务器并不是一个新概念。第一,arXiv该机构成立于1991年,主要为理论物理学家服务。三年后,SSRN启动了社会科学研究。在过去的几十年里,这两个预印本服务器都显著地扩展了它们的范围,许多其他服务器也已经启动。其中一些在它们的范围内有化学作用,甚至在21世纪早期有一段时间,有一个专注于化学作用的预印本服务器。

然后,在2017年8月,发生了两件事。首先,SSRN预印本服务器(最初用于社会科学,目前由出版业巨头爱思唯尔运营)推出了一个名为化学研究网络(ChemRN)的分支。然后,大约一周后,ChemRxiv它是由美国化学学会(ACS)发起的,现在由ACS、英国皇家化学学会以及中国、日本和德国的化学学会合作经营。188金博网欢迎您

每个人都意识到预印本就像一列行驶的火车,你必须上车,否则就会被甩在后面

唐娜·布莱克蒙德,斯克里普斯研究所

他们最初都没有受到化学界的热烈欢迎。美国加州斯克里普斯研究所的化学教授唐娜·布莱克蒙德(Donna Blackmond)解释说,最大的问题是坚持——尤其是来自一些期刊编辑的坚持——将研究成果存入期刊导致其失去在期刊上发表所需的新鲜感ChemRxiv科学顾问委员会。

一开始,一些化学期刊接受预印本的投稿,一些不接受,还有许多期刊根本没有预印本政策,让作者们猜测。布莱克蒙德说,所有化学期刊花了大约一年的时间才接受预印本。ACS的旗舰期刊美国化学学会杂志他坚持的时间最长。“每个人都意识到预印本就像一列行驶的火车,你必须上车,否则就会被甩在后面,”她补充道。

一旦期刊编辑给他们开了绿灯,化学家们对使用预印本服务器的信心大增。位于巴黎的法国国家科学研究中心的计算化学家François-Xavier Coudert说:“化学期刊接受已经作为预印本发布的稿件引起了巨大的(思维)变化。ChemRxiv科学顾问委员会。

在推出四年后,预印本服务器现在在化学界找到了自己的脚。2020年,5137份预印本被张贴在ChemRxivChemRN上的3538。同年,ChemRxivpreprints被访问16,120,921次,ChemRN pre-prints被下载49,553次。

快速的传播

在疫情期间,预印本在迅速和公开传播研究成果方面发挥了至关重要的作用。在欧洲发现Covid-19之前,总部位于伦敦的维康基金会就协调了一项公开声明呼吁“迅速公开分享与Covid-19疫情有关的所有研究成果和数据,为公共卫生应对提供信息,帮助拯救生命”。该声明由数十家资助者、社团、出版商和机构签署,并列出了预印本服务器,以促进这一过程。

化学预印本服务器的大流行提交量比生物学和医学服务器少,但冠状病毒相关内容仍占据前10名中的8名ChemRxiv在所有时间列表中访问次数最多的内容。

当我看新闻时,看到有人在谈论Covid预印本,我经常在想“得了吧,你知道这可能是扯淡”

Hosea Nelson,加州理工学院

2021年5月访问最多的预印本(4月访问第二多的预印本)是Vittorio Saggiomo的预印本协议将一个铝咖啡荚变成一个微型化学反应器,该反应器可以进行一种反应,在不到30分钟的时间内通过颜色变化报告covid -2的存在。Saggiomo是荷兰瓦赫宁根大学生物纳米技术小组的助理教授,他不知道“CoronaEspresso”协议是否已经被用于其预期的目的。不管怎样,这是ChemRxiv打击。到2021年7月底,预印本已被浏览近2.1万次。根据Altmetric的数据,该预印本还在19家新闻媒体、4个博客上得到了关注,并在推特上发布了约1044次。

自疫情爆发以来,有数百份(如果不是数千份)与冠状病毒相关的预印本登上了新闻,新冠病毒胶囊咖啡机只是其中之一。这并非没有问题。与同行评议的内容相比,并不是每个新闻主持人或记者都对预印本持额外的怀疑态度。美国加州理工学院有机化学教授Hosea Nelson说:“当我看新闻时,看到有人在谈论Covid预印版本,我经常会想,‘拜托,你知道这可能是胡扯’。”

同行评议当然不是完美的,但它往往是一个有效的把关过程,将废话从科学文献中排除。大多数预印本服务器都有基本的筛选程序,试图捕捉提交的内容中最糟糕的部分,以阻止错误信息的传播。ChemRxiv发送所有提交到一个团队的策展学者快速检查之前,他们公布在网上。“这是对发布内容是否合适的基本评估。该公司高级产品经理本•穆德拉克(Ben Mudrak)说:“我们的团队会检查每个提交的申请是否符合我们的范围,不包含任何煽动性或潜在危险的内容。ChemRxiv

ChemRN也做了类似的工作,将所有预印本在爱思唯尔期刊编辑面前进行了感官检查。SSRN董事总经理格雷戈里•戈登(Gregory Gordon)说:“有人会快速审阅每一份预印本,以确保没有任何疯狂的内容漏过缝。”

快速的反馈

发布预印本的另一个经常被表达的原因是为了获得社区对研究的早期投入。穆德拉克说:“预印本是获得早期意见反馈的一个很好的方式,当我们与作者交谈时,这是他们看到预印本实用性的最大方式之一。”

在收到对其Covid-19检测预印本的反馈后,Saggiomo修改了文本,澄清了一些要点,然后将其提交给一份传统的同行评审期刊。此更新文本也可在ChemRxiv.Saggiomo解释说:“当我们在同一个项目上工作了几个月或几年的时候,不仅是两个推荐人,而且是数百个阅读预印本的人,我觉得这非常有用。”

印度理工学院孟买分校(Indian Institute of Technology Bombay)的物理化学教授纳雷什·帕特瓦里(Naresh Patwari)也从社区对预印本的反馈中获益。2020年10月,他发布了一份预印本,详细描述了一项关于范德华复合物在光激发后如何表现的物理化学研究arXiv.Patwari说:“有很多人给我写信,提出意见和建设性的批评,其中包括该领域的大专家。”“我们进行了非常好的讨论。他目前正在修改这篇论文,在将其提交给期刊之前,吸收同行的意见。

当一位研究人员不仅仅在心里考虑他的另一个预印本,而且亲自测试了详细的流程时,萨吉莫感到很兴奋。贴在ChemRxiv2021年6月预印描述了将一台便宜的3D打印机转换成三个(通常非常昂贵)注射器泵。不到三周后,美国俄克拉何马大学的一名研究人员发送了一张她的实验室使用该协议制造的泵的照片。Saggiomo解释说:“我没有给他们任何输入,所以这证明了只要阅读和遵循说明,该方案是可重复的。”从那以后,又有四组人告诉他,他们成功地复制了这个设计。他补充道:“其中一组人甚至将其用于新的打印机,我们也将这种新设计添加到了纸张上。”

然而,这两个化学预印本服务器都不允许读者在其网站上发表评论。戈登解释说:“我们很早就有了(SSRN上的评论),大概是15年前的事了。从100条评论中筛选出一两条有思想的评论是一堆噪音,浪费了每个人的时间。”相反,对话通过电子邮件或社交媒体进行。他补充道:“Twitter领域是大多数关于预印研究的有趣对话发生的地方。”

然而,一些其他主题的预印本服务器在其网站上有评论。BioRxivMedRxiv也允许同行评议意见对应期刊编辑和作者之间的联系将与预印本一起发布。

声称新奇

科学是一个竞争激烈的领域,使用预印本的另一个反复出现的原因是能够更快地将一个名字印在一个新想法上。布莱克蒙德解释说,期刊评审过程可能需要数月时间,预印本从提交到发布通常需要48小时的周转时间。穆德拉克说,这是一种主张主权的方式。“如果你有了一些令你非常兴奋的新成果,预印本可以帮助你把自己的名字第一个推向市场。”

尼尔森解释说,如果你的速度不够快,预印服务器还可以帮助你分享焦点。2018年10月,一个总部位于瑞典的组织发布了一份在《《应用化学》其中包含了与他刚刚提交给另一家杂志的一份手稿相似的研究。这两篇论文都描述了电子晶体学作为x射线晶体学的快速替代品,用于确定小分子的三维结构。“杂志因为另一篇论文而拒绝了我们的论文,我们决定刊登这篇论文ChemRxiv这样我们也能因此获得赞誉。”他的预印是在《应用化学》论文发表后,他在推特上发布了这篇文章,小组分享了赞美从社区。

尼尔森小组也立即重新提交了他们的论文ACS中央科学它是在哪里被审查的发表不到三个星期。他解释说,到那时,预印本已经收到了“成千上万的读者”。目前,它是有史以来访问次数第三多的预印本ChemRxiv截至2021年7月底,该网站已被访问近7.9万次。

在被抢先报道之前,Nelson说他对预印本的想法不感兴趣,但是现在——只要他的合著者同意——他把他小组的所有论文都放在预印本服务器上。他解释说:“如果是预印本,就会有一份记录,表明你在出版之前就把想法发表出来了。”

然而,关于预印本是否真的可以用来建立优先级的讨论仍在进行中。我的感觉是,一旦一篇论文ChemRxiv在同行评审和文献中,然后ChemRxiv时间戳应该保持不变。但她补充道,并非所有人都持这种观点。

开放的谈话

预印本服务器也可以用来进行公开对话。他说,我们在SSRN上看到了金融领域的一些非常有趣的事情,特别是在多年来的一些金融危机期间,我们实际上与人们进行了非常有深度的辩论,其中有些是诺贝尔奖得主,我们反复讨论各种想法。一个人发表了预印本,另一个人发表了不同的意见。他在这些和在英国皇家学会成立的早期,艾萨克·牛顿和罗伯特·博伊尔等科学家曾用它来辩论理论。

英国格拉斯哥大学(University of Glasgow)的化学教授李·克罗宁(Lee Cronin)说,化学家应该更多地利用预印本来讨论研究思路。“如果你看物理学arXivbioRxiv在美国,人们正在研究很多新想法,这些想法可能需要几年时间才能通过这个系统(并得到发表)。我预先打印的ChemRxiv都是为了打开话题。”

布莱克蒙德正在使用ChemRxiv在德国柏林自由大学与马赛厄斯·克里斯特曼公开讨论一个复杂的情况。这两个小组都在研究烯胺的催化机制,在2021年3月Christmann发表了一篇预印ChemRxiv这对布莱克蒙德实验室发表的大量研究成果构成了挑战。两个月后,布莱克蒙德发布了响应在同一个预印服务器上。布莱克蒙德说:“推特上有评论说,与同行评议的文献相比,这样的科学讨论进行得如此之快,令人惊叹。”

她的小组的回应包含了新的数据——一个要求ChemRxiv.然而,戈登说,ChemRN欢迎任何有助于科学讨论的东西。例如,它允许手稿详述仍在早期阶段的研究,也允许文献综述。

职业生涯奖金

早期职业化学家可能从使用再版服务器中获益最大,许多科学资助机构现在允许在拨款申请中包含预印本。这包括UKRI(英国研究与创新)、欧洲研究理事会和美国国家科学基金会。

我们积极研究ChemRxiv调试先导物

《?》杂志执行主编梅·科普西化学科学

它们在求职申请中也被证明是有用的。“我非常喜欢早期职业研究人员或讲师的简历上有一到两份预印本,你可以阅读,而不是只说‘我有三篇论文要提交自然”’,这解释道。如果有预印本的链接,我可以去查一下,自己评估一下作品的质量。这样做对求职者是有帮助的。”

尼尔森说,如果作业是预先印好的,学生也更容易知道他们的作业有哪些内容可以在面试时讨论。他们可以去参加工作面试,知道谈论这些结果是可以的,因为这些结果已经被记录在案了。

它还可以帮助研究人员确定哪些期刊最适合他们的工作:一些化学期刊最近开始寻找关于预印本的推文,并在预印本服务器周围寻找适合他们期刊的文章。尼尔森说:“我们有超过一半的预印本会让副编辑联系我们,问我们是否愿意投稿给他们的杂志。”我们积极研究ChemRxiv《RSC》杂志的执行编辑梅·科普西(May Copsey)说化学科学

未来

在经历了化学预印的坎坷之后,化学家们在过去四年里越来越多地接受了预印服务器。大流行突出了它们作为一种工具的效用,可以迅速和公开地传播研究成果供他人使用,但化学家也在为它们找到无数其他用途。这些措施包括:在向期刊提交论文之前,从科学界获得快速反馈以改进论文,在新发现上盖章,以及与其他科学家进行公开辩论。

期刊本身应该鼓励作者将论文放入档案

Naresh Patwari,印度理工学院孟买分校

不过,化学界对预印本的使用还远未普及。这曾估计每年大约有50万篇化学和化学相关领域的论文发表在期刊上。相比之下,在他们发射后的四年里ChemRxiv总共发布了12092份预印本,ChemRN刚刚超过16000份。

Saggiomo认为,它们将缓慢但稳定地继续被采用。他说,如果我们告诉新一代,来自很多同行的评论比两个匿名的推荐人更有用,我认为(学术出版)将在一两代人之后发生变化。不过,Patwari提出了一个加快速度的建议:“期刊本身应该鼓励作者将论文放入存档,比如说,在他们将论文发送给同行评审之前的15天。”

库德特还预测,随着研究人员越来越多地因为气候变化的原因而避免参加会议旅行,它们的使用将会增加。他解释说:“在会议上,你会谈论自己最近完成或即将完成的工作,在喝咖啡的休息时间,你会从别人那里得到反馈。”“预印本的作用与会议沟通是平行的。”

尼娜·诺特曼是英国索尔兹伯里的一位科学作家

本文中的图表已于2021年10月11日更新,以澄清数量ChemRxiv已出版的预印本Angew。化学